För att kolla på minnesutnyttjande, antal aktiva instanser, databas-sessioner, trösklar, trottling med mera så är Microsoft Management Console ett bra verktyg.
Skriv "perfmon" i Run-fönstret.
Högerklicka och välj "Add counters", leta upp "BizTalk:Message Agent" och markera önskade räknare och processer.
Detta hjälpte mig att se att en process inte mådde så bra utan var i ett "Throttling State" som troligtvis orsakat konstigheter med orkestreringar som inte "vaknat" upp i tid efter en delay, exempelvis skulle den vänta i 2 minuter på ett meddelande men det tog 15 minuter för orkestreringen att komma igång igen.